2015年。
春日山では、
カラスたちによる戦争が再び幕を開けていた。

ある日、山のふもとに暮らす７歳の少女、美羽(みう)は森の探索中に何かの卵を拾う。
その卵にココと名づけた美羽は、毎日のように孵化(ふか)をまっていた。
ある朝起きると美羽の前にココと名乗る少年が現れる。

卵から産まれたのはカラスの男の子だった。
そしてココの母親は、春日山のカラス一族を支配するカラス姫、シンだった。

シンは戦争のため自分の息子たちを兵士に育て上げる訓練に明け暮れていた。
重要な戦士の卵であるココが行方不明になった春日山では騒動が起きていた。

しかし、ココ本人には訓練への恐怖があり家に帰りたくないという。
美羽の母親、誠子と美羽の兄、未希也はココを匿うことに決める。

シンは人間の手に渡ったココを兵士の訓練に戻すべく、美羽の一家への襲撃を決意する。